En el Refugio Nacional de Vida Silvestre Cipancí es posible encontrar una gran diversidad de aves, acuáticas y terrestres, como las Lapas Rojas (Ara macao), el Pavón (Crax rubra), el Sargento o Cigueñón (Mycteria americana), el Ibis Blanco (Eudocimus albus), el Pato aguja (Anhinga anhinga), la Espátula Rosada (Platalea ajaja) y el Jabirú (Jabiru mycteria), la cigüeña más grande del mundo. Además, dentro de la fauna común encontramos algunos mamíferos como monos aulladores y capuchinos, pizotes o coatíes, pecaríes de collar (Pecari tajacu) y ardillas, además de ranas, iguanas, serpientes y cocodrilos, siendo esta especie la más representativa del sitio. El Refugio Nacional de Vida Silvestre Cipancí forma parte del Área de Conservación Arenal Tempisque, por lo que se encuentra en una de las partes más calurosas y secas de Costa Rica, con una temperatura media anual de 28ºC, cuenta con la flora típica de la zona, cuenta con más de 750 especies de plantas y una gran diversidad de especies de árboles como el pochote (Bombacopsis quinata), el cocobolo (Dalbergia retusa), el Guanacaste (Enterolobium cyclocarpum), el Ron Ron (Astronium graveolens) y el Cedro amargo (Cedrela odorata), entre otros.
