El sistema fluvial de la Reserva Biológica Lomas Barbudal cuenta principalmente con el Río Cabuyo, además de las Quebradas permanentes e intermitentes Barbudal, Congo, Amores, Lomas y Biscoyol. Este sistema fluvial constituye los importantes drenes del ASP. Cabe recalcar que existen dentro del ASP 10 nacientes entre ellas: Bolas del Cañón, Lomas Papayito, Catarata, Agua Fría y el ojo de agua en el límite con el Pelón de la Bajura
Se reportan 280 especies de aves, 235 especies de artrópodos, 223 especies de plantas, 125 especies de hongos, 54 especies de mamíferos, 22 especies de reptiles, 10 especies de peces y 8 de anfibios (López et al. 2012). Varias especies de plantas y animales se encuentran en peligro de extinción, por ello es fundamental preservar y recuperar los bosques y la conectividad, así como otras áreas vecinas.